由牧尘直接指定划分为六个军团。
第一军团由修佐带领，大部分为原neo海军士兵，共一千五百人成员，主要是战斗员。
第二军团由宾兹带领，一部分为原neo海军士兵，一部分为招募的人类和鱼人的专业人士，目前五百人，计划招募至一千五百人。
这些人负责组建牧尘海贼团的科学部门，少部分是战斗员，大部分为科研人员。
第三军团由艾恩带领，一部分为原neo海军士兵，另一部分为招募的牧尘商会成员。
目前人员最多，包括香波地群岛地盘的一些新纳入成员，共五千三百多人。
这一军团主要负责牧尘海贼团的商贸事物，包括管辖鱼人岛和香波地群岛的地盘贸易等。
因为贸易的扩大，人员众多。
第四军团由罗带领，主职也是战斗员，也是一千五百人，现阶段的主要任务就是占据加亚岛。
第五军团由青雉带领，现在是一千二百人，计划招募至一千五百人。
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